کمیته علمی، به‌عنوان رکن تخصصی و مشورتی جایزه ملی نوآوری اجتماعی، وظیفه تدوین چارچوب‌های مفهومی، معیارهای علمی داوری و ارزیابی طرح‌ها را بر عهده دارد. این کمیته بر اساس آیین‌نامه داخلی و در چارچوب مصوبات شورای سیاست‌گذاری فعالیت می‌کند و اعضای آن از میان اساتید دانشگاه، پژوهشگران، و صاحب‌نظران حوزه‌های مرتبط با نوآوری اجتماعی انتخاب می‌شوند. کلیه تصمیمات اجرایی مرتبط با محتوای علمی، ارزیابی تخصصی آثار، و داوری نهایی می‌بایست با تأیید یا نظارت این کمیته انجام گیرد تا اصالت علمی و کیفیت حرفه‌ای جایزه تضمین شود.